O imposto retido na fonte é calculado pelo total bruto?

Quase isso. Do valor bruto do pagamento, antes são descontadas as deduções aplicáveis e depois é calculado o imposto a ser retido. Por exemplo, dos rendimentos tributáveis com ajuste anual (como salário de CLTista), podem ser deduzidos a contribuição para a previdência oficial, pensão alimentícia e um valor referente a cada dependente.